San Martín de Elines o Helines, como aparece también en antiguos documentos, ya ejercía su misión durante el siglo X (época de los restos mozárabes que aún se conservan en el muro del claustro que da al cementerio).
No existiendo Cartulario ni documentación propia conservada, al contrario de lo que sucede con nuestro Monasterio de Rioseco, es muy difícil conocer su historia, y, por lo tanto, nos deja un vacío de noticias en toda aquella comarca donde fundamentalmente debió ejercer su dominio: Valderredible.
Ya en el siglo X debió de tener importancia, puesto que en el actual cementerio hay unos arcos mozárabes y unas ventanas en el muro septentrional del claustro de esta época. Esta fábrica mozárabe parece se arruinó definitivamente en 1102 , tal como nos dice un documento que Berganza copia en su historia del monasterio de Cardeña: " Era de CXL ruit ecclesia Santi Martini de Helines", y debió de ser en esta fecha cuando se comenzó la iglesia románica actual, una de las primeras de Cantabria, aunque el claustro parece ser muy posterior, del siglo XVI.
Todo el ábside fue cubierto con pintura mural a finales del siglo XII, pero de todo el conjunto solo se han conservado las figuras de dos santos o apóstoles. Pero lo más grandioso de la iglesia es su cúpula sobre pechinas y sostenida por cuatro imponentes columnas entregas, que se coronan con extraños capiteles cilíndricos figurados, de singular y original prestancia, con representaciones de terribles animales devoradores, la adoración de los Magos y la matanza de los Inocentes.