Las etapas del GR-99 son las siguientes:
1.- Fontibre - Montes Claros
2.- Montes Claros - Villanueva de la Nia
2.1.- Aldea de Ebro - San Martin de Elines
3.- Villanueva de la Nia - Polientes
4.- Polientes - Orbaneja del Castillo
5.- Orbaneja del Castillo - Valdelateja - Pesquera de Ebro
5.1.- Orbaneja del Castillo - Turzo - Pesquera de Ebro
6.- Pesquera de Ebro - Manzanedo
7.- Manzanedo - Puente Arenas
8.- Puente Arenas - Trespaderne
9.- Trespaderne - Quintana Martin Galindez
9.1.- Puente de Valdecastro - Cillaperlata
10.- Quintana Martin Galindez - Baños de Sobron
10.1.- Barcina de Barco - San Martin de Don
11.- Baños de Sobron - Miranda de Ebro
11.1.- Puentelarra - Miranda de Ebro
12.- Miranda de Ebro - Haro
12.1.- Miranda de Ebro - Puente de Briñas
13.- Haro - Puente de Briñas - San Vicente de la Sonsierra
13.1.- Haro - Briones - San Vicente de la Sonsierra
14.- San Vicente de la Sonsierra - Elciego
14.1.- Baños de Ebro - Cenicero
15.- Elciego - Oyon
15.1.- Cenicero - Logroño
16.- Oyon - Mendavia
16.1.- Logroño - Agoncillo
17.- Mendavia - Lodosa
17.1.- Agoncillo - Alcanadre
18.- Sortaguda - San Adrian
18.1.- Alcanadre - San Adrian
19.- San Adrian - Milagro
19.1.- San Adrian - Rincon de Soto
19.2.- Rincon de Soto - Castejon de Ebro
20.- Milagro - Tudela
21.- Tudela - Buñuel
22.- Buñuel - Gallur
23.- Gallur - Alagon
24.- Alagon - Utebo
25.- Utebo Zaragoza
26.- Zaragoza - El Burgo de Ebro
27.- El Burgo de Ebro - Pina de Ebro
28.- Pina de Ebro - Velilla de Ebro
28.1.- Pina de Ebro - Gelsa
29.- Velilla - Satago
29.1.- Alborge - Ermita de Montler - Sastago
30.- Sastago - Escatron
31.- Escatron - Chiprana
32.- Chiprana - Caspe
33.- Caspe - Mas de la Punta
34.- Mas de la Punta - Vall de Freixa
35.- Vall de Fraixa - Mequinenza
36.- Mequinenza - Almatret
36.1.- Mequinenza - Fayon
37.- Almatret - Flix
38.- Flix - Mora dEbre
39.- Mora dEbre - Benifallet
40.- Benifallet - Tortosa
41.- Tortosa - Amposta
42.- Amposta Ruimar